还原论是一种把事物分解成小的单元，再通过小的单元的性质推导出整体属性的一种科学思想。比如：气体是由分子组成的，我们就可以用统计物理学的方法推导出理想气体的状态方程。人是由细胞组成的，对细胞有毒性的物质对人也是有毒的。早期的还原论者是想通过物理规律推导出生物学规律和社会学的规律。
牛顿在《自然哲学的数学原理》的导言中这样写道：“哲学的全部任务看来就在于从各种运动现象来研究各种自然之力，而后用这些力去论证其他现象。本书第一、第二两编中的一些普遍命题就是为了这个目的而提出的。在第三编中，我为此举了一个例子，那就是用它来说明世界这个体系；因为我根据前两编中数学上所已论证了的命题，在第三编里我从天文现象中推导出使物体趋向太阳和几个行星的重力，然后根据其他同样是数学上论证了的命题，从这些力中推演出行星、彗星、月球和海潮的运动。我希望能用同样的推理方法从力学原理中推导出自然界的其余一切现象。因为有许多理由使我猜想，这些现象全部取决于某些力。物体的微粒，也是靠了这些力，由一些迄今尚未知道的原因，而互相吸引，粘着成有规律的形状，或互相排斥，而彼此分离；由于这些力我们还不知道，哲学家在自然界里追求，迄今徒劳无功；但我希望本书所奠定的原理，将对这种或某些更正确的哲学方法提供一些线索。”
他又说，“我们可以下结论说，一切物体的最小微粒也具有广延性、坚硬性、不可入性、能动性，并且赋有其固有的惯性。这是整个哲学的基础。”
笛卡尔发展了牛顿的还原论思想，他把人和动物的肉体看作机器，把动物看作是完全由物理定律支配的，缺乏情感和意识的自动机。他认为，假使我的知识真够丰富，我们就可以使化学和生物学转化为力学；胚种发育成动物和植物的过程是纯粹机械过程。
基于牛顿力学的拉普拉斯模型是这种还原论的最好陈述。拉普拉斯是一位法国天文学家，也是数学家，他把牛顿的力学体系做了进一步的数学化和普遍化，并成功运用于天体力学中。他说，对一个具有非凡计算能力的妖来说，只要给它一个初始条件，它就可以知道宇宙的过去、现在和未来的一切，这个妖史称拉普拉斯妖，集中体现了近代数理实验科学的理想。这个理想就是要把全部的事务都还原到一个决定论的理论体系中。
机械唯物主义的影响随着现代物理学的发展逐渐淡化了。现在物理完全否定了拉普拉斯妖的能力。但是，近代技术的发展却使我们找到了这个拉普拉斯妖，这就是计算机。计算机发明当初主要是用来计算的，可现在，它几乎无所不能。特别是他的发展速度更令人惊叹，个人计算机每17个月速度就可增加一倍，这就是著名的摩尔定律。在计算机发展的近20年里，这个摩尔神化一直在不断成为现实。人工智能最终能达到怎样的程度，它会超越人的智能吗？成为人们关注的一个重要话题。
乐观者一直认为，这只是时间问题。当IBM公司的计算机深蓝战胜了国际象棋大师卡斯帕罗夫的时候，人类为自己所造的机器震惊了。同时，在哲学界，为现代物理杀死的拉普拉斯妖又复活了。现在，大型计算机已经可以成功模拟核实验，进行中等尺度和精度的天气预报。会不会有一天，我们可以模拟种子的萌发、人的思维、地球的理化过程，从而成功的预测地震、台风，甚至是某位领导人的决策呢？计算主义者相信这一天迟早是会来的。在许多科幻电影中，机器人和人相比已经有过之，而无不及了。计算主义就是现代的还原论。
量子力学的出现，早期的还原论破产了。但现代生物学的发展则诞生了另一个还原论。笛卡尔虽然认为动物是自动机，但却认为人是有灵魂的。现在生物学表明，没有一种物质是生命所特有的，不仅动物是一台自动机，其实人也是一台自动机，虽然它是一台复杂的机器，但仍是一台机器。人的心脏就是一个泵，肝脏就是一个化工厂，肾脏是一个过滤器，大脑是一台计算机，现代生物学发展仍是按还原论的科学思想进行的，也最终导致分子细胞生物学的医学模式。
而现代的遗传学则认为生物的性状都是由基因决定的。科学家研究表明，人的智力、寿命、性格，甚至犯罪都和基因有关。这就是基因决定论。
以前是生命世界让人捉摸不定，物理世界都是受物理规律支配的；现在则是物理世界充满了量子幽灵，生命世界成了自动机。人类基因组计划已经了解了人类的全部核苷酸顺序，克隆技术和转基因技术正在为改造生命世界创造条件。分子细胞生物学的医学模式和基因决定论、计算主义就构成了现代的还原论。
我们不可否认在科学的发展过程中，还原论一直是很成功的。但想通过还原论解决一切问题的想法却是错误的。
还原论的思想造成了人们只见树木不见森林，从而否定了自然的复杂性。对自然的敬畏也就消失了，这就为人们无节制的征服自然和改造自然提供了理论依据，最终导致了环境危机。
还原论也必然造成道德虚无主义。因为道德的意义在还原论的体系中找不到任何位置。我们无法从物理、化学或是生物学的任何规律证明“帮助别人有什么意义？”。而掠夺所得到的物质利益却是实实在在的。这也就为资产阶级的殖民掠夺和阶级剥削取消了良心的谴责。同样以掠夺为目的两次世界大战就以莫许有的理由发生了。
在还原论中，性道德同样是没有多大的意义。许多西医的教材中写道，一次性行为男性只不过损失几百毫克的蛋白质和少量核酸。当然，女性以前在性行为中有怀孕的风险，避孕技术的发展使女性在性行为中“毫无损失”。这样的认识最终为性解放提供了辩护词。艾滋病的泛滥也就无法避免。
信息论和系统论的研究是反对还原论的重要的理论基础。根据系统的政区结构，我们知道了“无中生有”的可能。由氨基酸组成的蛋白质有氨基酸无法完成的免疫、消化、催化等许多功能。而由化合物组成的细胞所具有的分裂、新陈代谢等功能又是任何一种化合物所不具有的。人是由细胞组成的，但人却绝不是一堆细胞。人具有反射、推理、语言、心理等功能又是细胞本身不可能具有的。同样，由人组成的国家则具有政治、文化、风俗等人本身不具有的属性。整体大于部分之和正是系统论给我们揭示的反对还原论的依据。
按照还原论把系统分解成它的基本单位的时候必然造成的信息的丢失，特别是系统的特征信息的丢失。因此还原论也就不可能解决复杂系统和人文系统的所有问题。比如：安慰剂对杀死离体的癌细胞是没有任何作用的，但对癌症患者却有效。有人不喜欢《红楼梦》，但并不影响它对中国文化的作用。
组成人体的分子原子每天都是在换的，但无论如何换，我们都叫他张三。说明张三并不是由特定的原子组成的。因此，还原论由部分来研究整体的物质基础并不存在。同样，一个国家的人每年都有死去和出生的，它也在变，相对不变的是它的文化、风俗等国家特征信息。
所以，我们研究人的心理这样的信息是组成人的细胞所根本没有的。也就不可能由细胞去研究人的心理等作为人的特征信息。同样，我们也不可能通过人去研究文化等属于社会系统的特征信息。由此看来，还原论只是一个在简单系统中创造的神化，在复杂系统和人文系统中它的作用也就大为缩水了。
系统是由物质和能量组成的，但系统中还有比物质能量更重要的东西，那就是信息。物质和能量显示了世界的统一性，而信息则说明了世界的差异性。
在社会系统中，人的思想作为一种信息据有十分重要的作用。而思想却不是任何物理、化学和生物的过程可以还原的。思想可以写在书上，但它绝不是纸张和油墨；思想可以存在于人的大脑中，但它绝不是多肽和神经冲动。思想虽然必须以物质为载体，但它的价值是不能和它的载体相提并论的。一副名画只是由纸和墨组成的，但它的价值却是纸和墨的不知多少倍。
人类社会的发展除经济、生产力这些的物的因素外，思想是一个重要的因素。世界有两大文化圈，一个是基督教文化圈，一个是伊斯兰文化圈。这两大文化圈的文化冲突对人类的历史产生了深远的影响。早的有十字军东征，就是以宗教名义进行的战争，现在的有恐怖主义和霸权主义也存在着文化冲突的烙印。试想，如果有一位传教士能说服异教徒改宗，不知道有多少杀戮可以避免。也许有人会说，说服几亿人改变信仰确非易事。但事实上，能说服一个人改变思想都会对历史产生巨大的影响。试想，如果毛泽东能说服蒋介石建立联合政府，中国的内战就可以避免，多少中国军人之死可以避免。
而发生在上个世纪的冷战，其本质就是意识形态的冲突导致的社会主义和资本主义两大阵营的对峙。
有人说，希特勒的《我的奋斗》一书，每个字都杀死几万人。这正是一个罪恶的思想产生罪恶的结果的例证。
但思想有思想的规律，是任何物理、化学和生物学的规律不能替代的。思想没有原子弹爆炸的巨大的能量，但会产生比原子弹对世界更大的影响。
社会系统是由人组成的，而人是一个由思想、心理、生理组成的复杂的系统。研究简单系统的还原论的方法在社会系统中失去了作用。社会系统最大的特点就是不存在一个如同几何和物理学中符合还原论的定律系统。许多因素不可量化、不可计算、不可实验。
在军事上，就没有一个保证只打胜仗的战术。高处是有利地形，可马谡在街亭占了高处，却吃了败仗。背水列阵是兵家大忌，可是韩信却背水列阵，以少胜多，打败了赵王。二战中，盟军在西线的登陆地点对德军的指挥者而言是个谜，是加莱还是诺曼底？这是一个无法用任何计算机计算出来的结果。所以诺曼底登陆在炮火横飞战场后面，是指挥者在斗智斗勇。说白了还是在斗心眼。我党的军队在反围剿时期，用的是运动战，抗日战争是游击战，而解放战争的三大战役却是阵地战。战术不同，但胜利却是一样的。
在社会系统中最反对是教条，所谓的方法其实是无法。经验只可借鉴，但不能照搬；历史只可研究，但不能重演。俄国的十月革命是通过“城市中心论”取得胜利的，但在中国就不适用。中国的革命只能是“农村包围城市”。
经济上，苏联发展社会主义经济的模式在东欧和中国都没有发挥作用。私有制促进了英法美等国的经济发展，但俄罗斯在私有化后，经济却陷入困境。因此，坚持走中国特色的社会主义道路，根据我国的国情制定我国的政策才是中国正确发展之路。
社会系统中，只所以不存在一个如同物理学上的定律主要是因为：定律都有一个它适用的条件，牛顿运动定律的条件就是宏观、低速运动的物体。这在一般的工程、机械制造等领域都不会超出这个条件。如果超过这个条件我们也是可以准确判断出来，并用相对论去解决它。但在社会系统中，一个成功的经验往往在一定国家、一定文化背景、一定的时期的社会情况下创造的。但保证经验成功的复杂条件一直在改变，而且无法判断是否改变了。所以在任何情况下，社会问题都必须具体分析、具体对待。商鞅的法律对战国时的秦是适用的，最后秦统一了六国。但如果把它拿到现在肯定是不适合的，因为法律适用的社会条件已经完全不存在了。
孔德按照物理学原理建立的社会静力学和社会动力学，斯宾塞按照生物学原理建立的社会学都没有发挥牛顿力学在物理学那样的作用，便是社会系统对还原论的否定。
简单性原则是近代科学的一条重要原则。爱因斯坦把他陈述如下：“一切科学的伟大目标，即要从尽可能少的假设或公理出发，通过逻辑的演绎，概括尽可能多的经验事实。”牛顿力学可以说是这一原则的典范，利用数学工具，它几乎可以解决所有我们经验中的力学问题。物理学以后的发展，基本上遵循了这一原则。
但当我们的研究范围扩大到复杂的生物体、生态系统和社会系统时，我们发现这个原则失效了，在这些系统中根本不存在一个普遍适用的公理。
可以说，在复杂的生命系统和社会系统中，简单性原则已经不适用了。取而代之的是复杂性原则：在复杂系统中，不存在一个普遍适用的原理，亦不可以用单一方法解决所有问题。如人体衰老的原因、恐龙灭绝的原因、罗马帝国灭亡的原因，更有可能是多种因素共同作用的结果，而不是由单一因素决定的。
日本在日俄战争和中日甲午战争获得了巨大的利益，但在二战中，它却没有得到任何好处。美国一直是在战争中成长的帝国，在独立战争中，美国摆脱了英国的统治，南北战争为资本主义发展扫清了道路，一战、二战美国都获得了巨大的发展机遇。但越战中，美国却没有得到任何好处，以后呢？
在未来战争中，也许永远不会有赢家。想发战争财的国家都是在虎口夺食。两次世界大战，谁是赢家呢？既使是战胜国损失仍是无法弥补的。五次阿以战争，均以以色列胜利而结束，以色列赢了吗？生活在战火中的胜利者仍无法与生活在和平中的人相比。八年两伊战争谁又是赢家呢？
在大规模杀伤性武器大量出现的今天，战争除可以把地球变成地狱以外，还会给人类带来什么呢？因此，今天想通过战争来促进发展的规律已经过时了。
在产业革命以前，污染在国家发展中是一个可以不考虑的问题。生活在封建社会的人从不会想到垃圾会堆成山，井里的水会用完。但现在却是我们不能不考虑的一个问题。因此，环境问题就是一个以前可以不考虑，而现在却要认真考虑的问题。
虽然如此，社会系统中还是有规律可循的，但社会系统的规律和简单系统的规律不同，它往往是不确定的，是一些经验之谈。社会系统的一个重要原则就是中道的原则，也就是俗话说的不要走极端。这也是质量互变规律的体现。比如：极端的纵欲和完全的禁欲可能对社会都是有害的。无节制的滥用科技，造成了环境危机，但完全放弃科技的作法仍是不可取的。倡导和平，不搞军备竞赛，并不是完全的放弃国防建设，和平仍需要强大的国防去维护。反对社会达尔文主义的竞争观念，但完全否定正当的竞争仍会造成许多社会问题。
中华文化是最早注意到中道的存在，所以儒家有《中庸》，佛家有《中论》都是专门研究这个问题的。但如果把中道看做是什么时候都走中间路线也是错误的，因为社会系统中没有万能的法则，中道也不例外，正确的抉择仍需具体情况具体对待。
社会系统问题的另一个重要研究方法是换位思维法。比如：在军事上，就是要把自己放在敌人的位置，想敌人会怎么做。在经济上，就是要把自己放在顾客的位置上，想顾客喜欢什么样的商品。在法律，立法时就是要把自己放在公民的位置，想一个这样的法律会对社会产生什么样的影响。在生活，就是要“己所不欲勿施于人”，把自己放在别人的位置上多想一想。
但总的来讲，简单系统中的还原论的方法中社会系统中已不适用了。经验、直觉成了正确处理问题的方法。
物理定律亘古不变，社会情况却一直在变。如果我们不用变化的眼光看待人类危机问题，那才是真正的危机。